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春城晚报:云南农大携手中科院植物研究所建成我国首个葡萄遗传资源原创性数据库
来源:春城晚报 时间:2020-05-28浏览次数:

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昨日,记者从云南农业大学获悉,该校与中国科学院植物研究所合作,构建了全球最大型葡萄属植物基因组学数据库。这也是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库。

葡萄是世界上最古老的果树树种之一,是葡萄属中栽培最多的水果作物,该属还含有约60种可育的野生种。在世界温带地区的原生栖息地中,北美约有28种野生葡萄品种,东亚约有30种野生葡萄种类。尽管葡萄栽培在人类历史中具有重要的文化意涵及经济价值,但大规模基因组遗传变异数据的缺乏导致无法解析其驯化传播历史,也严重阻碍了葡萄的性状改良。

随着全球越来越多葡萄属植物基因组的陆续解析,及相关重测序、转录调控等高通量数据的积累,研究人员迫切需要一个能够整合基因组、遗传变异数据、转录组和表型组等多层次数据的比较工具,对葡萄属的特定生物学特征或基因家族的基因序列、结构等进行比较分析。为此,云南农业大学董扬教授、盛军教授,与中科院植物研究所李绍华教授共同合作,构建了首个葡萄属植物基因组学网站-VitisGDB。

截至目前,VitisGDB共收录了葡萄属7个物种共22个基因组组装结果;收录并处理了包括1641个重测序数据以及相应的表型信息;预测鉴定出9395万个单核苷酸变异位点以及9.7万个基因共线性关系。通过整合多种可视化组件与基因组在线比较工具,该数据库将不同类型的数据有机整合到了一起,为用户提供了友好的数据检索、下载和在线分析服务。

本报记者 杨质高

新闻链接:http://ccwb.yunnan.cn/html/2020-05/28/content_1349323.htm?div=-1

作者:
编辑:张继来


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